"소년탐정 김전일"과 함께 추리만화의 양대산맥으로 불리며 연재되었던 만화를 애니메이션으로 만들었다. 한 화에 한 사건이 끝나는 빠른 전개와 주인공 코난의 비밀이 밝혀질 듯 말듯한 아슬아슬한 연출은 어린이들의 손에 땀을 쥐게 할만큼 긴박하다. 고교생이면서 유명한 탐정인 남도일은 어느날 어떤 사건에 휘말리게 된다. 훌륭히 사건을 해결하고 돌아가던 도중 도일이는 사건이 일어났던 유원지에서 마주쳤던 검은 코트의 사나이들중 한 명이 수상한 행동을 하고 있는 것을 발견하고 미란을 먼저 돌려보낸 후 검은코트의 사나이들을 쫓는다. 수상한 암거래 현장을 목격한 도일은 그 현장에 정신이 팔린채 있다가 다른 검은 코트의 사나이에게 공격을 받는다. 그리고 그들은 도일을 조직에서 새로 개발한 약의 실험체로 삼는다. 그러나 그 약의 부작용으로 도일은 꼬마가 되어버리고 만다.꼬마가 되어버린 도일은 코난으로 이름을 바꾸고 미란의 집에 신세를 지면서 초등학교를 다니게 된다. 초등학생이 된 도일은 그 추리력으로 계속해서 여러 사건들을 해결하며 자신을 어리게 만든 조직의 발자취를 좇는다.