거인들이 득실거리는 으시시한 세계에서 태어난 난쟁이 톰 썸... 톰의 부모는 가난에 찌든 어두운 마을에서 비참한 모습으로 살아간다. 어느 날, 갑작스레 탄생한 톰은 부모님의 빈곤한 삶 속에서 새로운 희망으로 커간다. 아버지는 불쌍한 톰을 위해 버려진 인형의 가구며 옷가지를 찾아 썩어가는 도시의 거리를 배회한다. 그리고 공포가 살며시 거리를 엄습하면서 신기한 난쟁이가 태어났다는 소식이 결국 정부에까지 들어간다.

정부 관리들에 의해 붙잡힌 톰이 기형아와 돌연변이를 연구하는 실험실에 갇히게 되자 톰의 부모가 힘들게 꾸려가던 행복은 산산히 흩어져 날아가 버린다. 그리고 불쌍한 톰은 과학자들의 거대한 손에 의해 끔찍한 공포에 시달린다. 그 와중에서도 실험실에서 다른 기형 친구들과의 우정을 쌓아가는 톰... 그는 언제부턴가 굉장한 힘을 지닌 마이티 임프와 친하게 지내게 된다. 유리 플라스크 안에 갇혀 격렬하게 움직이며 분노를 표현하는 마이티 임프. 무시무시한 힘을 가진 임프와 조그만 난쟁이 톰은 같은 운명에 처한 채 의사의 실험용 칼을 피해 실험실을 탈출하게 된다.