지금 학생들이 모두 죽어가고 있다.

10년 전, 어느 일본의 초등 학교. 한 밤중에 순찰을 돌던 수위 아저씨는 교무실에서 들려오는 괴 전화를 받다가 '하나꼬'라는 여자악령에게 죽임을 당한다. 그로부터 10년 후, 여전히 그 소문이 학교주변을 감싸 돌던 즈음. 그 학교의 여학생 '미카'는 하교 길에 교실에 깜빡 놓고 온 소지품을 가지러가다, 공중에서 튀어 오르는 축구공에 끌려 그만, 학교근처에 버려진 폐교로 들어가고 만다. 한편 미카의 집에서는 올 시간이 한참 지난 탓에 '아카이'가 학교로 동생을 찾으러간다. 학교주변을 맴돌던 '아카이'는 폐교 건물 입구에 '미카'의 물건이 걸려있는 것을 보고 그 안으로 들어가는데...

같은 시간 '아카이'의 친구들 '히토시'와 '사토', '나카무라' 는 아카이의 집에 놀러갔다가, 아카이 어머니로부터 학교에서 돌아오지 않은 동생 '미카' 를 찾아 '아카이'가 학교로 갔다는 말을 듣고 학교로 향한다. 학교를 둘러보던 일행. '아카이'가 어디에도 없자. 옆에 있던 폐교를 의심하게 된다. 폐교로 들어가는 친구들. 이때 갑자기 문이 닫히고, 일행은 꼼짝없이 무시무시한 그 폐교 안에 갇히고 만다.

폐교를 어쩔 수 없이 둘러보게 된 일행은. 여기저기 둘러보던 차에 들어왔다가 길을 잃었다는 '카오리'라는 귀여운 소녀를 만나게 되고, 한 명이 더 늘은 상태로 층계를 따라 올라간다. 음산한 교실과 교실 사이를 걸어다가, 교실에서 살아 움직이는 물건들과 악령을 만나고 일대의 추격전이 벌어진다. 학교 안에서 그들과는 떨어진 곳을 배회하던 '아카이'는 그만 발을 헛디뎌 블랙홀 같은 공간을 통해 학교 밖으로 나온다.

한편, '히토시'의 쌍둥이 동생 '카츠오'는 편의점에 갔다가, 냉장고 창에서 '히토시'의 텔레파시를 보게 되고, '카츠오'는 텔레파시 내용대로 선생님과 엄마를 데리고 폐교로 향한다. 폐교 앞에 당도한 그들은 학교의 벽틈에서 기어 나오는 '아카이'를 만나게 되고, '아카이'를 따라 학교 안으로 아이들을 찾으러 학교로 들어간다. 모든 일행에서 제외된 '카츠오' 와 엄마. 엄마는 친구들을 데려온다며 떠나고, 혼자 남은 '카츠오'는 '히토시'가 보다만 책을 뒤적거리다 악마를 내쫓는다는 의미를 지닌 부적을 발견하고 건물 밖 운동장에 커다랗게 그린다.