오랜 옛날 메소포타미아 문명시절 바빌론의 황금성을 신이 가져가던 도중 놓쳐 지구에 다시 떨어지게 되었다. 그 황금성을 찾기위해 뉴욕의 마피아 그리고 루팡 일행은 서로를 견제해 가며 고군분투한다. 한편 로제타라는 할머니는 수천년전부터 지구에 남겨진 후 바빌론의 황금성을 찾아 왔지만 아직까지 찾지 못하고 있다. 로제타의 정체를 아는 이는 없으나 로제타는 루팡에게 자신의 정체를 말한다. 어느 날 맨하탄의 지하에서 바빌론의 황금성에 대한 실마리가 발견되어 마피아와 루팡이 경쟁을 벌이게 되나 결국 루팡이 바빌론의 황금성을 발견하게 된다. 이를 알아챈 로제타가 황금성을 우주로 가져가려 하지만 마침내 다시 지구에 떨어지게 되고 로제타는 우주로 떠난다.

몽키 펀치 원작의 <루팡3세>는 그 동안 극장판 및 TV스페셜을 통해 꾸준히 제작이 되어 왔고 현재도 매년 한 편씩 TV 스페셜로 제작이 되고 있을 만큼 스테디한 인기를 누리고 있다. 이번 국내 개봉을 통해 팬들에게 다시 한 번 예전의 인기를 누릴 수 있을 것으로 기대가 된다.