후우라 마을에서 바람 축제가 열린다. 축제가 열리는 곳에는 사람들이 모여든다. 지우와 피카츄는 축제 행사 중 하나인 ‘포켓몬 많이 잡기’ 대회에 참가한다. 부상 때문에 달리기를 그만둔 리사는 특별한 포켓몬을 잡아와달라는 동생의 부탁을 받고 후우라를 찾는다. 허풍쟁이 카가치는 몸이 약한 조카 릴리를 위해 포켓몬 연구원인 토리토와 함께 사람들을 속이고 포켓몬 대회에서 우승한다. 토리토는 연구소에서 누구보다 포켓몬을 아끼고 이해하지만 소심한 성격 탓에 그 마음을 다른 사람들에게 잘 전달하지 못하는 남자다. 포켓몬을 싫어하는 할머니 히스이는 토리토의 연구실에 들렀다가 포켓몬이 좋아하는 향기를 가진 약을 옷에 묻힌다. 그 바람에 온 동네 포켓몬들이 히스이를 쫓아다닌다. 축제가 한창이던 어느 날, 봉화가 마을에서 없어지면서 바람도 덩달아 사라진다.

이 영화는 각기 다른 상처와 핸디캡을 안고 살아가는 인물들이 마을을 구하기 위해 힘을 합치는 이야기다. 후우라 마을에서 인간의 위협으로부터 포켓몬을 오랫동안 보호해온 전설의 포켓몬스터인 제라오라의 사연을 통해 인간과 포켓몬이 서로 평화롭게 살아가는 세상을 만들어야 한다고 강조한다. 이야기는 포켓몬이나 주인공 지우와 피카츄보다 카가치, 토리토, 히스이 그리고 제라오라를 지키는 소녀 라르고 등 여러 인물들의 사연에 더 집중한다. <극장판 포켓몬스터: 모두의 이야기>는 <극장판 포켓몬> 시리즈의 21번째 작품이다.