150년의 역사를 간직한 성 제임스 교회. 기독교 학교도 아닌데 캠퍼스 안에 교회를 둔다는 것에 대해 곱지 않은 시선을 보내는 이들이 많다. 그러던 어느 날 교회에 방화 사건이 발생해 데이빗 목사(데이비드 A. R. 화이트)의 동료 주드(벤자민 오치엥)가 사망하는 일이 벌어진다. 교회가 불에 탄 것도 모자라 친구까지 잃어 상심이 큰 데이빗에겐 하지만 더 큰 시련이 기다리고 있다. 해들리 주립대학 총장(테드 맥긴리)이 캠퍼스 내에서 교회를 퇴거하기로 결정한 것이다. 학교와 지역사회와 교회의 갈등이 고조된 상황에서 데이빗은 교회를 지키기 위한 싸움을 시작한다. 그러나 승산이 희박해 보이는 싸움 속에서 데이빗의 믿음은 조금씩 흔들린다.

1편은 강의실에서, 2편은 법정에서 ‘신은 존재하는가’라는 질문의 답을 구했다. 전작들의 흥행에 힘입어 3편까지 제작된 기독교영화 <신은 죽지 않았다3: 어둠 속의 빛>에선 지역사회 안에서의 교회의 역할을 고민한다. 믿음을 잃고 방황하는 사람들, 무신론자와 종교 회의론자에 대한 설득도 전편에 비해 완곡해졌다. 물론 ‘신은 선하다. 언제나 선하다’ 같은 절대적 믿음과 선한 기독교인 대 속물적인 비기독교인의 구조도 여전하다. 그럼에도 불구하고 3편은 사랑이라는 거대한 가치의 실현을 구체적으로 보여준다. 서로 자기 목소리만 높이던 사람들이 촛불을 나눠 드는 마지막 장면은 종교영화를 떠나 진정한 화합의 의미를 생각하게 한다.