「우주 전함 야마토 2」에서 야마토와 헤어진 데스라가 신천지를 찾는 여행을 출발하기 전 에가미라스 별에 들렀는데, 암흑 성단 제국이 가미라시움을 채굴하고 있었다. 이에 화가 난 데스라는 공격을 해 교전의 결과 가미라스 별이 붕괴되고, 가미라스 별의 소멸에 의해 쌍성 이스칸달이 폭주를 시작한다. 그 무렵, 지구에서는 야마토의 새로운 승무원 마무리 훈련에 힘쓰고 있었다. 데스라로부터 발신된 구원 요청 통신에 이스칸달의 위기를 안 야마토는 지구 방위군장관의 명령에 의해 이스칸달로 구조를 위해 떠난다. 「우주 전함 야마토 2」의 속편으로서 제작되어 텔레비전 스페셜로서 방영되는 한편 극장판 신작에의 포석으로서 신세대 캐릭터를 몇 사람 등장시켰다.