하트랜드에 살고 있는 중학생 유마. 세계 최고의 듀얼 챔피언이 되는 큰 꿈을 가지고 있는 소년이다. 어느 날 유마의 친구인 태호가 샤크에게 덱을 빼앗기고, 부모님이 물려준 자신의 소중한 열쇠마저 망가지자 유마는 샤크에게 듀얼을 제안한다. 하지만 샤크와 듀얼을 하던 중, 유마는 꿈속에서 봤던 문의 환영을 보고 열쇠로 그 문을 연다. 그러자 갑자기 유마의 눈앞에 아스트랄이라는 생명체가 나타난다. 유마의 눈에만 보이는 아스트랄은 유마가 있는 세계로 오던 중 기억을 잃고 만다. 하지만 곧 자신의 기억이 넘버즈라는 99장의 카드가 되어 흩어졌다는 사실을 알게 되고, 유마에게 듀얼로 넘버즈를 찾아야한다고 한다. 유마가 듀얼에서 이길 때마다 아스트랄은 상대방의 넘버즈를 흡수하며 조금씩 기억을 찾아가고, 유마는 자신의 듀얼에 참견하는 아스트랄이 못마땅하지만 그와 호흡을 맞춰 넘버즈를 찾기 시작한다.