"인공 유전자". 프랑크 푸르트의 아이보리 연안. 원인 모를 기호들이 적혀있는 은빛 돌덩어리가 떠내려온다. 이상한 기운에 휩싸인 솔로몬 학자 - 예전에 자신이 갖고있던 같은 모양의 조각과 이를 맞춰보는데 톱니 바퀴 맞물리듯이 잘 맞춰질 뿐만 아니라 사정없이 돌아가는 것. 3일 후, 생물 연구소의 산도스를 찾아간 솔로몬. 비밀리에 갖고 왔던 의문의 조각들을 꺼낸다. 그러나 갑자기 생물 연구소의 원숭이들이 괴성을 지르는 등 한바탕 소동이 벌어진다. 며칠 후 솔로몬은 시체로 발견되는데. 한편 이 사건을 추적 중이던 멀더는 솔로몬이 남긴 메시지를 읽게 되는데 점차 시야가 가려질 뿐만 아니라 시름시름 앓게 된다. 의문의 덩어리가 에일리언과의 유전자조직이라는 것이 밝혀질수록 멀더는 더욱 이성을 잃어가고, 스컬리조차 아무런 방법을 찾지 못하는데. "하이브리드"(시즌 8의 마지막 에피소드). 인간의 몸을 빌어 탄생한 에이리언의 출현과 스컬리의 임신에 얽힌 미스테리를 추적한다. 멀더와 스컬리의 키스신이 다시 한번 등장한다. '프로비던스'(시즌 9 - 에피소드 9~10). UFO를 숭배하는 사교집단에 위장 침투했다가 돌아온 FBI의 코머 요원이 스컬리의 아들인 윌리엄을 죽이려고 하다가 그녀의 총에 맞고 쓰러진다. 위험이 닥쳤음을 직감한 스컬리는 론건맨에게 도움을 청하지만 윌리엄은 전직 군인 조세포가 이끄는 사교집단에 의해 납치된다. 스컬리는 병원에 입원한 코머를 찾아가서 아기를 죽이려는 이유를 추궁한 끝에 윌리엄이 에이리언과 관련되어 있기 때문이라는 진술과 함께 조세포가 납치해갔다는 말을 듣게 된다. 그러나 스컬리가 잠시 자리를 비운 사이 코머가 의문의 사내에게 죽임을 당하자 더 이상 단서를 찾지 못한다. 한편 코머가 죽는 순간 윌리엄 납치 사건 때 총상을 입고 혼수상태에 빠져있던 도겟이 깨어난다. 도겟은 스컬리에게 누군가 만나자는 연락이 올 텐데 절대 그 사람을 믿어서는 안 된다고 당부한다. 도겟의 말대로 스컬리는 조세포의 연락을 받는다. 조세포는 걸프 전에서 목격한 슈퍼 솔저가 신의 아들이라고 생각하고 그들의 메시지를 전하면서 살기로 결심한 인물. 조세포는 윌리엄이 지구를 지배하게 될 에이리언의 지도자가 될 것인데, 멀더가 방해한다면서 그의 죽음이 사실이라는 증거를 보여주면 아기를 돌려주겠다고 말한다.