총인구 230만명, 토쿄도 서부의 거의 대부분을 점유하고 있는 거대한 도시. 인구의 80%가 학생이라는 점에서 학원도시'라는 이름으로 불리는 그 곳에서는 초능력의 개발이 이뤄지고 있었다. 특수한 수업을 받아 능력을 얻은 학생들은 정기적인 신체검사(시스템 스캔)에 의해 레벨0(무능력)에서 레벨5(초능력)까지 6단계로 평가를 받게 되며, 그 정점에 위치해 있는 것이 최강이라 불리는 7명의 레벨5(초능력자)들이었다. 7명의 레벨5 중의 한 사람인 미사카 미코토는 명문 토키와다이 여학교에 다니는 14세의 여중생이다. 전격을 사용하는 일렉트로 마스터 중에서도 최강의 능력자로서 '초전자포(레일건)'이라는 별명을 갖고 있는 그녀는, 오늘도 자신을 잘 따르는 후배인 풍기위원 시라이 쿠로코와 함께 학원도시의 평화와 안녕을 위해 고군분투하고 있는데...