2039년, 화성으로 향한 유인 탐사팀은 타르시스 대지 탐사중 문명의 흔적을 발견하지만, 갑자기 출현한 생명체에 전멸당한다. 그러나 유적에서 발견된 수많은 과학기술로 인류의 과학 기술은 비약적으로 발전하고, 태양계 바깥의 다른 생명체의 유적으로 추측되는 워프 포인트, 통칭 쇼트 컷 엥커를 발견하여 항성 간 항해 수단도 손에 넣는다. 그후, 탈 시안의 조사를 위해서 유엔 우주군 전함 4척이 건조되고 2047년에는 1000명 이상의 조사단이 조직된다.

중학생인 나가미네 미카코와 테라오 노보루는 같은 동아리에 있는 동급생으로 서로 좋아하는 사이다. 그러나 미카코는 국제 연합군 선발대 멤버가 되고, 노보루는 고등학교에 진학한다.
미카코와 노보루 각자 지구와 우주에서 휴대 메일을 통해 서로 연락을 주고 받지만, 우주군 전함 리시테아호가 목성 에우로파 기지를 경유해 태양계 안쪽으로 향하면서 메일이 왕복하는 시간은 길어진다. 노보루는 초조하게 미카코의 메일을 손꼽아 기다리며 지낸다. 이윽고 리시테아 함대가 워프를 실시하자, 미카코와 노보루의 시간은 엇갈리는데...