수의사인 알렉스는 무참히 죽어있는 소의 사체를 발견하고, 이것이 까마귀의 짓이라는 걸 알게 된다. 불길한 예감을 느낀 알렉스는 조사를 시작하게 되고, 스승이었던 노벡 박사가 동물의 지능을 높이기 위해 새로운 약을 개발 중이었다는 것을 밝혀낸다. 그 실험동물로서 선택되었던 것이 40마리의 까마귀였던 것. 신약에 의해 고도의 지능을 가지게 된 까마귀는 점점 흉악하게 변이되어 연구소로부터 도망친다. 그리고 수천마리의 까마귀 떼가 베를린을 공격하게 되면서 도시전체는 패닉상태에 빠진다. 곧 정부는 무력에 의한 구제계획을 발표하지만, 그것이 어마어마한 사태를 불러오리란 것을 알지 못한다. 고도의 지능을 가진 까마귀들이 인류를 적으로 인식하고 공격하게 되면 어떻게 될 것인가? 그 때 인류가 대항할 기술은 있는 것인가? 정부는 알렉스의 경고를 무시하고 구제작업을 실시하게 되는데…