1550년대 프랑스 궁정, 아름답고 총명한 메리 스튜어트(바네사 레드그레이브)는 프랑스 왕과 결혼하지만 2년만에 미망인이 되고 만다. 적대적인 시어머니 캐서린 데 메디치가 그녀를 프랑스에서 쫓아내길 바라는 가운데, 스코틀랜드로부터 특사 보스웰 공작(나이젤 데븐포트)이 당도한다. 보스웰은 스코틀랜드의 섭정인 메리의 어머니의 사망 소식과 함께 의붓오빠인 제임스 스튜어트(패트릭 맥구한)가 그녀에게 귀국을 청한다는 말을 전한다. 한편, 메리의 사촌이자 라이벌인 잉글랜드의 엘리자베스 1세(글렌다 잭슨)는 잉글랜드를 경유하겠다는 메리의 청을 거절한다. 13년 만에 고국에 돌아온 메리는 에든버러의 홀리루드 궁에 기거하면서 이탈리아인 데이비드 리치오와 발라드 신부를 측근으로 둔다.
메리 여왕이, 젊고 잘 생겼지만 나약한 가톨릭 출신의 잉글랜드 귀족 헨리 단리(티모시 달튼)와 두 번째 결혼을 하면서 스코틀랜드는 분쟁의 소용돌이에 휘말리게 되고, 마침내 메리 여왕은 한 살난 어린 아들 제임스에게 왕위를 물려주고 잉글랜드로 도피한다. 경쟁관계였던 엘리자베스 1세는 메리를 18년 동안 감금한 뒤 결국 처형을 명한다.