이것이 진짜 '고질라'다!

일본 전열도를 돌아다니며 고질라 탐사를 벌이는 고질라 예측 네트워크(GPN)의 리더인 시노다 유지와 그의 딸 시노다 이오, 그리고 과학잡지 기자인 이치노세 유키는 한참 고질라를 탐지하고 있다. 직업도포기한 채 커다란 재앙을 막기 위해서이다. 하지만 그들을 이해해주는 사람은 아무도 없다.
바로 그 날 밤, 몸채가 55미터나 되는 고질라가 바다를 가르고 공격해 온다. 방사선염 폭파력을 가지고 있는 이 괴물은 도시의 원자력 발전소를 파괴하고 쑥대밭으로 만들어버린다.
같은 시각, 가고시마 현에서 지름이 200미터나 되는 암괴가 발견된다. 이 암괴는 외계의 물체라는 것이 밝혀지고, 동시에 움직이는 생명체라는 것도 판명된다.

계속해서 포효하는 고질라. 그 때 마침 거대한 암괴가 날아와 고질라를 공격하는데.