부둣가 허름한 여관에서 일하는 고아 소년 짐은 바다를 동경해, 꿈과 모험이 기다리는 바다로 나가고 싶어한다. 안개가 자욱한 어느날 밤, 짐의 술집에 묵고 있던 빌리에게 한 장님이 찾아와서는 커다란 검은 점이 그려진 종이를 주고 간다. 뱃사람에게 있어 검은 점은 사형 선고를 의미하는 것으로, 빌리가 플린 선장의 보물 지도를 갖고 있다는 걸 눈치챈 해적들이 선전 포고를 하고 간 것이다.
빌리는 죽기 일보 직전에 보물 지도를 짐에게 넘기고, 곧 몰려든 해적들이 소란 피우는 틈을 타서 짐은 리조, 간조와 함께 그곳을 빠져 나온다. 빌리가 가르쳐준대로 트릴로니를 만나 히스파니올라호를 타고 보물을 찾아 나선 짐과 친구들. 히스파니올라 호에는 이상한 선원들이 많이 타고 있었다.

철두철미한 부선장 미스터 애로우, 개구리 선장 스몰리, 바닷가재를 애완동물로 기르는 외다리 요리사 롱 존 실버 등. 이 중에서도 롱 존 실버는 항해 경험이 많은 바닷 사나이로 밤하늘에서 북극성을 찾는 법을 가르쳐 주는 등 짐에게 매우 친절히 대해 주었다. 짐이 새로운 친구들과 즐거운 시간을 보내는 사이, 리조와 간조는 실버의 바닷 가재 폴리 일당에게 납치되어 끔찍한 고문을 당한다.
그들이 원하는 것은 보물 지도. 숨겨둔 곳을 말하라며 리조를 고문하려는 순간, 다행히도 미스터 애로우가 나타나 둘을 구해 주고, 일당을 체포한다. 사태가 심각해지자, 짐은 스몰리 선장에게 지도를 맡기고, 선장은 지도를 금고 안에 넣어 둔다. 끈질기게 짐을 구슬려 지도가 선장실의 금고에 있다는 사실을 알아낸 실버는 그날 밤, 미스터 애로우에게 현재 배가 매우 위험한 지역을 항해하고 있다며 미리 살펴보는 것이 배의 안전을 위해 좋을 것 같다고 말한다. 고지식한 미스터 애로우는 실버의 꾀에 넘어가 배의 열쇠 꾸러미를 비롯한 귀중품을 그에게 맡기고서 구명정을 타고 뱃길을 조사하러 나선다.
다음날 아침, 미스터 애로우가 죽었다는 헛소문을 퍼뜨려 선상에서 추도식이 거행되는 사이, 열쇠를 손에 넣은 폴리 일당은 보물 지도를 몰래 빼내 실버에게 전해 주는데.....