밝고 착한 15살 소녀 ‘마도카’는 미래의 꿈을 고민하는 평범한 소녀. 어느 날, 차가운 눈빛의 신비한 전학생 ‘호무라’를 만난다. 그녀는 ‘소중한 것들을 지키고 싶다면 변치 말고 그대로 있으라’며 ‘마도카’를 협박하는데. 같은 날, ‘큐베’라는 정체불명의 생명체가 나타나 마녀로부터 사람들을 구하는 마법소녀가 될 것을 권유한다. 다만 소녀의 영혼과 어떤 기적이든 가능한 한 가지 소원을 맞바꾸는 조건으로.

망설이는 ‘마도카’보다 먼저 계약을 한 단짝 ‘사야카’. 그러나 자신의 소원에 오히려 배신당한 ‘사야카’는 자포자기의 심정으로 폭주하고. ‘큐베’는 ‘마도카’가 우주의 법칙까지 바꿀만한 잠재력을 지녔다며 ‘사야카’도 다시 되돌릴 수 있다고 설득하지만 ‘호무라’는 끝까지 그녀의 계약을 막는다.
그리고 드러나는 마법소녀의 충.격.적 진실!