‘토토 타워’가 디자인된 10만 원권 신권 지폐가 발행되어 세상이 떠들썩한 가운데,
코난과 어린이 탐정단, 브라운 박사, 미란이와 보라는 한국 지폐 인쇄국 원주 공장을 방문한다.

그 무렵, 서울지방경찰청에서는 살인 사건 현장에서 발견된 신권 위조지폐로 수사를 위해 수사 본부가 소집되고,
국내에서 발견된 30번째 위조지폐라는 점으로 인해 통칭 ‘30호 사건’으로 명명된다.
신권의 위조지폐 사건이 보도되면서 전국이 혼란해진 가운데
코난은 위조지폐가 인쇄된 것으로 추정되는 부산의 지폐 인쇄국으로 향하고
거기서 하인성이 수사에 합류한다.

그 외 원주, 동해 등 각 지역에 위치한 지폐 공장의 조사를 위해,
강원지방경찰정의 양만호, 우하라, 천공명, 동해경찰서의 천범수,
인천지방경찰청의 천범기 등 전국 경찰청에 이어
보안 경찰 안기준과 FBI 이상윤까지 총출동해 국가적 위기에 맞선다!

통상 30호, 신권 위조지폐 사건 발생!
전대미문 사건을 수사하기 위해 전원 출동! 국가적 위기에 맞서라!