지우와 피카츄 일행은 여름휴가를 보내기 위해 포켓몬 광장에 도착한다. 지우는 피카츄에게 다른 포켓몬들을 돌봐주라고 부탁하고, 자신은 친구들과 사라진다. 그러나 블루들이 잠자는 토게피를 깨우면서 포켓몬들이 서로 다투게 되고, 상황은 점점 엉망진창이 되고 만다. 피카츄는 필사적으로 친구들의 싸움을 말리지만, 잠에서 깨어난 리자몽까지 가세해 싸움은 걷잡을 수 없이 커지는데...

비밀 연구소에서 일하는 일단의 과학자들은 세계에서 가장 강한 포켓몬을 만들겠다는 야심만만한 계획을 세운다. 전설적인 포켓몬인 뮤의 머리카락 화석에서 DNA를 체취한 과학자들은 DNA를 토대로 '뮤츠'라는 '뮤'의 복제를 만들어 낸다. 하지만 새로 창조된 뮤츠는 흉폭하기가 이를 데 없다. 게다가 자신을 창조해 낸 인간에게 무서운 증오심을 가지고 있다. 로켓단의 두목 비주기는 '뮤츠'를 이용해 세계를 정복하려고 하지만 '뮤츠'는 스스로를 세상에서 제일 강한 포켓몬 트레이너라고 칭하며 뉴 아일랜드 성에서 살게 된다.

'뮤츠'는 포켓몬 트레이너들을 초청한 후 포켓몬들을 납치해 똑같이 생긴 복제를 만들어내는데, 복제들은 모두 진짜를 능가하는 힘을 지니고 있다. '뮤츠'는 자신이 만들어 복제 포켓몬들을 이용해 세상을 파괴하려 하고, 지우와 친구들은 '뮤츠'의 생각을 바꾸려고 애쓰지만 결국 그들과 일생일대의 전쟁을 벌이게 되는데...