계속되는 전쟁과 환경 파괴, 핵의 발달은 지구 환경을 어지럽혀 잠들어있던 많은 괴수를 깨운다.
이에 지구방위군은 세계각지에서 특수한 신체능력을 가진 새로운 인간 "뮤턴트"를 주요전력으로 M이라는 기관을 조직하게 된다. 한편 지구에 온 외계인 X성인은 우호적인 자세였으나 점차 본색을 드러내어 잠들어있던 괴수들을 깨어내어 조종하기 시작하고, 지구방위군은 최대의 적이자 1954년 처음 그 모습을 나타낸 이후 수 차례 세계를 멸망에 빠뜨릴 뻔한 괴수의 왕 "고질라"를 부활시킨다. 50년 만에 남극 빙산 속에 결빙되어 있다 깨어난 고질라는 그 동안 쌓인 모든 것을 풀어버리겠다는 듯 무서운 기세로 수많은 괴수들을 해치워 나가기 시작하고 뮤턴트와 X성인의 대결, 그리고 고지라와 X성인에 의해 부활한 괴수들의 최후의 결전이 시작된다.