2002년 말, 요코하마 베이브릿지에 투하된 수수께끼의 미사일. 보도기관은 자위대 소속 기체에서 발사된 것으로 보도하지만 해당하는 기체는 존재하지 않았다. 육상자위대 조사부 소속의 아라카와는 특차 2과의 고토우 대장과 나구모 경위를 찾아가 베이브릿지 폭파 사건이 나구모 경위의 스승이자 이전 파트너였던 츠게 유키히토와 관련이 되어 있다는 것을 말하고는 고토우 대장과 나구모 경위에게 사건 조사를 도와줄 것을 요청한다. 하지만 연이어 일어나는 불온한 사건은 경찰과 자위대의 대립을 조장하고 사안을 중시한 정부는 마침내 치안유지를 위해 계엄령을 선포하고 실전부대를 투입한다. 겉으로는 연이은 사건들의 용의자인 츠게와 테러리스트의 위협을 막기 위해서 취한 조치이지만 테러리스트들이 한 발 빨랐고 정체불명의 테러리스트들에 의해 특차 2과는 궤멸되고야 만다. 뿐만 아니라 테러리스트들은 통신 설비를 파괴하고 통신 장애를 일으켜 도시의 모든 통신 시스템을 마비시켜 버린다. 동료 경찰과 아라카와의 조사로 용의자인 츠게의 위치를 알아낸 고토우 대장과 나구모 경위는 남은 특차 2과 제 2소대를 규합하여 츠게를 체포하기 위해 최후의 출격을 시작한다. 가드 로봇들의 위협에 맞서 겨우 츠게가 있는 곳에 다다른 나구모는 츠게를 자신의 손으로 직접 체포하고 사건은 마무리된다.